社員に住まわす社宅を借り上げましたが、社員本人からいくらか家賃を徴収しなくてはならないと聞いております。 いくらを徴収すればよろしいのでしょうか。

本来は生活費から拠出すべき住居費用ですが、使用人から次の算式で計算した金額の50%以上を徴収していれば給与課税されません。

その年度の家屋の固定資産税評価額×0.2%+12円×家屋の床面積÷3.3+その年度の敷地の固定資産税評価額×0.22%

従来借主の立場で固定資産評価額を調べることが難しかったため、社宅賃料の10%相当額を徴収する方法が簡便的に行われてきました。
しかしこの方法は法的な根拠があるわけではないため今後とも認められるとは限りません。
平成15年より借主も賃貸契約書と本人確認できる書類(免許書など)を持参すれば、固定資産税評価額を調べることができるようになりました(法人の場合は代表者印が必要)。
簡便法で従来行ってきた会社についても今後否認されることが無いように数年に一度正式に評価額を調べて賃料を設定することをお勧めいたします。