外国法人である親会社から経営指導料を受けていますが、どのように決めるべきかアドバイスをお願いします。

親子会社といえども、それぞれ独立した営利企業体であり、経営指導は、親会社の子会社に対する一種の役務の提供と考えられます。
よって、経営指導料は、親会社側で要するコストと子会社で受ける効用を基礎にして決められるべきだと言えます。
しかし、親会社側で要するコストや子会社で受ける効用を算定するのが困難な場合は、子会社の売上高、生産高、人件費の額、従業員数、親会社間の取引高等を算定基準として、算定すればよいでしょう。
また、算定基準を特別の理由なく事業年度の途中で変更すると親子会社間での利益操作とみられるおそれがあります。
一方、算出した経営指導料が、役務提供に対して、高額であると課税庁に指摘された場合、移転価格税制の適用を受けることがあります。

逆に過少と指摘されたときは、寄付金課税の適用を受けることがあるので注意が必要になります。

移転価格税制とは、このような海外の関連企業との間の取引を通じた所得の海外移転を防止するために、その移転価格を通常の取引価格に引き直して課税する制度であります。