日本の税務調査はどのように行われるのか教えてください。

税務調査は、大きく2つに分けることができます。
実地調査と査察調査です。

実地調査とは、所得税法、法人税法等に定める質問検査権に基づいて、申告が適正に行われているかどうかを確認するために事業所に臨んで行われるものです。原則として、事前に電話連絡が納税者又は関与税理士あり、その納税者の承諾を得てから行われます。
例外的に、現金商売の場合は、納税者の現況を把握するため、事前連絡をしないで直接事務所等に臨む場合もあります。

一方、査察調査は、上記の実地調査で把握できない悪質で大口の不正所得が見込ませる納税者に対して、裁判所の発行した令状をもとに執行される強制調査になります。

税務調査の連絡があったら、あわてず冷静に対応し、即座に回答しないで、関与税理士等に相談してから回答しましょう。
また、日頃から、税法に則って適正に誠実に会計処理等を行うことはもちろんですが、税務調査等で要求されたらすぐ見せられるように、総勘定元帳、補助元帳等の帳簿のほか、領収書、請求書等の証憑書類をきちんと整理保存しておくことが必要でしょう。