韓国のIT企業です。 韓国の法人と日本の顧客と直接の取引をしていますが、売上代金から税金を20%引かれて入金されました。 取り戻す方法はありますか。

日本の顧客を通して、税務署から納税証明書を受け取り、それを韓国で決算申告をするときに税務署へ提出すると、韓国の方で還付を受けられます。
韓国にある法人が日本で源泉徴収された所得税について、韓国で外国税額控除制度を利用して、日本で納付した外国税額を韓国で納付する税額から控除することを認められています。
ただし、控除できる金額については、国外源泉所得に対応する韓国での税額を控除限度額とする等の限度があります。
顧客と合意をして租税条約に関する届出書を代金送金前にあらかじめ提出し、適用される税率を20%から10%へ引き下げる方法もあります。
このときに提出する租税条約に関する届出書は「使用料に対する所得税の軽減・免除」の届出書です。